試驗(yàn)結(jié)果:(1)比較低檢測(cè)限:40個(gè)循環(huán)和45個(gè)循環(huán)的比較低檢測(cè)限均為3copies/μL;(2)低濃度模板的陽性檢出率:2,1,0.5copies/μL的陽性檢出率完全相同,分別為90%,70%,60%;(3)平均值,SD,CV:將兩者平均值做配對(duì)T檢驗(yàn)的P值為0.002,差異極明顯,45個(gè)循環(huán)的平均值普遍比40個(gè)循環(huán)的平均值高0.35-1.22,而SD和CV均無明顯性差異。(4)Ct值40以上的結(jié)果:只有一個(gè)值為40.53。試驗(yàn)結(jié)論:通過增加循環(huán)數(shù)不能提高試劑本身的比較低檢測(cè)限和對(duì)低濃度樣品的檢出率。循環(huán)數(shù)增加是否會(huì)增加非特異擴(kuò)增的概率,本次試驗(yàn)未進(jìn)行驗(yàn)證。做 qPCR,不要鉆進(jìn)唯Ct值的牛角尖。遼寧TaqMan探針法qPCR實(shí)驗(yàn)
想做好qPCR,show出漂亮的結(jié)果,糾正不良的qPCR操作習(xí)慣,需要準(zhǔn)備以下內(nèi)容(以染料摻入法為例子)。1.設(shè)計(jì)目的基因引物。請(qǐng)參考以上內(nèi)容,上海英俊默認(rèn)是2OD,實(shí)際上2OD~5OD的價(jià)格是一樣的,5OD做幾千個(gè)樣品是沒問題的,我每次都是設(shè)計(jì)5OD,1OD/管,每次只溶解1管,其余4管凍存-80,理論上管用n年2.設(shè)計(jì)內(nèi)參基因引物。這很重要,不同組織選擇內(nèi)參基因種類不同,常見內(nèi)參有HPRT、ACTIN、UBC、UBB等等,不要人云亦云,自己去找文獻(xiàn)看看目的組織內(nèi)哪種內(nèi)參較穩(wěn)定,有錢的,需要數(shù)據(jù)可靠性高的,可以選擇2種引物,更高大上的可以做3種及以上,然后利用qbaseplus選擇較穩(wěn)定的引物。3.準(zhǔn)備一瓶滅菌超純水用來稀釋引物。雖然以前都說用TE緩沖液,但是qPCR還是用純水的好,加多少水到10umol都是告訴你的,請(qǐng)自覺尋找。4.在A工作區(qū)域內(nèi)分裝引物,加入滅菌水后,搖晃-10000rpm1分鐘-分裝40ul/管,我每次都是把上下游引物混在一起分裝,這樣比較方便,凍存后,每次用之前冰上溶解。5.在B工作區(qū)域內(nèi)準(zhǔn)備模版,cDNA或者DNA,總之,1ugRNA,經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA20ul體系的,我直接用純水稀釋到200ul。 湖南SYBR熒光染料qPCR機(jī)構(gòu)哪家好為什么我的qPCR每次結(jié)果都不太一樣?
其實(shí)沒有一項(xiàng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)是 so easy 的,即便是看起來毫無難度的 qPCR 。但同樣地,任何一項(xiàng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)都是有套路的,包括 qPCR ,就看你套路深不深。對(duì)于像病毒載量這樣的定量實(shí)驗(yàn)來講,標(biāo)準(zhǔn)曲線的質(zhì)量起到?jīng)Q定性作用。R2值太低一般是由于稀釋操作不夠準(zhǔn)確,或者加樣操作誤差太大;E值太低則可能是由于探針引物設(shè)計(jì)不夠好,或者Ta值不合適;而E值太高則提示可能出現(xiàn)了非特異擴(kuò)增或者PCR擴(kuò)增受抑制的情況。根據(jù)qPCR的MIQE準(zhǔn)則,合適的擴(kuò)增效率E在95%~105%,這就是努力的方向。很多人會(huì)有疑問,為啥要千方百計(jì)的優(yōu)化擴(kuò)增效率呢?擴(kuò)增效率的提高可以提升qPCR檢測(cè)體系的靈敏度、動(dòng)態(tài)范圍,減少非特異性產(chǎn)物的產(chǎn)生;數(shù)據(jù)的重復(fù)性及可信度也會(huì)得到提高;Tm值優(yōu)化是提高擴(kuò)增效率特別直接特別簡單的方法,只需要一臺(tái)具有溫度梯度功能的qPCR設(shè)備即可,時(shí)間上還用不了半天。
InSilico工具如BLAST或者等效性搜索是實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)有用的。應(yīng)當(dāng)記錄任何可預(yù)測(cè)的假基因的同源或者其它不可預(yù)見的基因,并且作為一個(gè)序列比對(duì)提供給審稿人。但是特異性必須用直接的實(shí)驗(yàn)證據(jù)(凝膠電泳,解鏈曲線圖形,DNA序列,擴(kuò)增片段大小,和/或限制性酶切)驗(yàn)證有效性。設(shè)計(jì)之初可預(yù)測(cè)寡核苷酸的熔解溫度(Tm)的算法,但是退火的實(shí)際比較好溫度必須通過實(shí)驗(yàn)決定。雖然引物優(yōu)化已成為過去時(shí),但是不當(dāng)?shù)耐嘶饻囟葍?yōu)化對(duì)實(shí)驗(yàn)質(zhì)量有很大的影響還是明確的。引物二聚體的顯可引起PCR低效率,在探針和SYBRGreenⅠ的實(shí)驗(yàn)中可能產(chǎn)生假陽性。引物優(yōu)化的一些證據(jù)應(yīng)提給審稿人,比較好還要提交退火溫度或者M(jìn)g2+濃度,Cq值,熒光點(diǎn)陣圖與循環(huán)次數(shù),和/或熔解曲線。上海SYBRGreen法qPCR機(jī)構(gòu)哪家好?
能否通過增加擴(kuò)增循環(huán)數(shù)來增加試劑盒的敏感性?這里指的是大部分的qPCR試劑盒的循環(huán)數(shù)為40個(gè)或45個(gè),我們能否在不改變?cè)噭┖械脑O(shè)計(jì)的前提下,只通過將40個(gè)循環(huán)增加到45個(gè)循環(huán),或是將臨界值由38提高到40,或者由40提高到45的方式來提高試劑盒的敏感性呢?從原理上解釋:理論上,假設(shè)初始模板量為1個(gè)拷貝,酶的擴(kuò)增效率100%,到達(dá)比較大閾值約需要35個(gè)循環(huán),因此業(yè)內(nèi)通常認(rèn)為qPCR的有效線性范圍為Ct:15-35。通常酶的擴(kuò)增效率無法達(dá)到100%,達(dá)到1個(gè)拷貝模板的循環(huán)數(shù)可能會(huì)達(dá)到38或更高,如下圖我用qPCR和數(shù)字PCR測(cè)到了1拷貝模板對(duì)應(yīng)的Ct值為37.91。當(dāng)酶的效率更低或者存在抑制劑時(shí),檢測(cè)到1拷貝模板的循環(huán)數(shù)的Ct值可能會(huì)更高。上海融享生物科技有限公司專業(yè)的qPCR。寧夏TaqMan熒光探針qPCR公司哪里有
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1.每個(gè)qPCR試劑盒在上市前應(yīng)該按照行業(yè)統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行各種指標(biāo)的系統(tǒng)評(píng)估,試劑盒生產(chǎn)廠家應(yīng)該提供這些參數(shù)供客戶進(jìn)行選擇和驗(yàn)證。檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室也應(yīng)該具備對(duì)試劑盒進(jìn)行性能驗(yàn)證的能力。2.一個(gè)qPCR試劑盒的重要是引物探針設(shè)計(jì)、酶、反應(yīng)體系和比較好的反應(yīng)條件,試劑盒生產(chǎn)廠家應(yīng)該從根本上去改進(jìn)自己的試劑盒而不是做一些文字游戲。3.對(duì)于檢測(cè)來說,qPCR試劑盒只是其中的一個(gè)環(huán)節(jié),如果想得到可靠的檢測(cè)結(jié)果還需要對(duì)采樣、運(yùn)輸、保存、處理、提取和擴(kuò)增的每個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行質(zhì)量控制(檢測(cè)全流程質(zhì)量控制)。實(shí)驗(yàn)室的檢測(cè)人員也不要抱有解決了qPCR試劑盒的問題就解決了檢測(cè)中所有問題的幻想。遼寧TaqMan探針法qPCR實(shí)驗(yàn)