代謝組學”的主流研究工具有:GC-MS(氣相色譜)GC-MS是代謝組學研究的經(jīng)典技術(shù),具有技術(shù)成熟穩(wěn)定、靈敏度高等特點,同時,由于具有相對完善的數(shù)據(jù)庫,使得定性也更為準確可靠,缺點則主要表現(xiàn)在樣品處理相對復雜,對于不易衍生化的物質(zhì)定性和定量較困難。LC-MS(...
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像,以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置??臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot,這些捕獲探針的 Po...
單細胞測序并非**對一個細胞進行測序,而是對單一細胞的轉(zhuǎn)錄組進行捕獲和檢測,可以理解為單細胞水平上的測序,能同時測序成千上萬個細胞。單細胞測序技術(shù)的出現(xiàn)和應用,能夠完全反映組織里不同細胞群體的異質(zhì)性信息,幫助獲得許多嶄新的科研見解,帶領(lǐng)生物學研究進入了一個新次...
采用RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學分析和DIA蛋白質(zhì)組學分析,研究了AC和AL對db/db小鼠的影響。轉(zhuǎn)錄組分析共鑒定出16812種不同的蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄本。其中,2837個(約16.9%)在正常組和對照組之間有***差異,表明db/db小鼠在轉(zhuǎn)錄水平上與野生型小鼠**...
蛋白質(zhì)是生命功能的直接體現(xiàn)者,近幾年來,蛋白質(zhì)組研究越來越多的體現(xiàn)在多種疾病機理的闡明,為科研問題攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過蛋白質(zhì)組比較分析,找到特異性的蛋白,成為新藥物設計的分子靶點,為疾病的早期診斷提供分子標志。然而生物體內(nèi)的蛋白組學是一個非常復雜的...
通過空間代謝組學測量了四種轉(zhuǎn)基因小鼠模型(肺*(LC)、RCC、HCC和T-ALL)中甘油磷脂(GPs)的含量,發(fā)現(xiàn)在不同的**中,MYC誘導改變了磷酸酰甘油(PGs)的豐度(圖 4A),能夠增加了大多數(shù)PG物質(zhì)。MYC失活后,PG豐度恢復到基礎水平(圖 4B...
空間代謝組學:質(zhì)譜成像技術(shù)近二十年來,隨著質(zhì)譜離子化技術(shù)的不斷發(fā)展,質(zhì)譜成像技術(shù)因其能夠直觀、快速、簡便地呈現(xiàn)出分子在細胞或組織中的結(jié)構(gòu)、空間與時間分布等信息,越來越受到大家的關(guān)注。并且質(zhì)譜成像技術(shù)也被***的用在**疾病研究、藥物前期發(fā)現(xiàn)等各領(lǐng)域的高質(zhì)量文章...
質(zhì)譜成像(Mass Spectrometry Imaging, MSI)作為一種新型的分子影像技術(shù),能夠直接從生物組織中獲得大量已知或未知的內(nèi)源性代謝物和外源***物等分子的結(jié)構(gòu)、含量和空間分布信息。相對于其他成像方法(如熒光成像、放射性標記成像等),該技術(shù)無...
1.樣本準備Sprague-Dawley大鼠模型腹腔注射東莨菪堿后被殺死(處理組,3只),對照組大鼠(3只)也用同樣方法殺死。獲取大鼠整個大腦,在低溫下將大腦切成連續(xù)的矢狀切片(暴露出海馬和紋狀體),用于Nissl染色、H&E染色和質(zhì)譜成像檢測。2.空間代謝組...
展示了空間代謝組成像技術(shù)的應用。這一分析***表明脫髓鞘后新形成的髓鞘具有與正常髓鞘不同的脂質(zhì)成分。因此,這種HSL方法學可能**提高目前對多發(fā)性硬化癥再髓鞘形成的理解,并可能為多發(fā)性硬化癥研究中評估再髓鞘形成***提供一種新的策略。此外,HSL方法可以針對*...
本篇小鹿分享一篇空間代謝組學專業(yè)應用技術(shù)文章,探究空間代謝組學如何進行前列腺*診斷和預后生物標志物的差異研究?該研究發(fā)現(xiàn)了前列腺*樣本中的特定組織區(qū)室的不同代謝特征,確定了幾種可能被進一步開發(fā)為前列腺*的診斷和預后生物標志物的差異代謝物和脂質(zhì)??臻g代謝組學能夠...
2021年9月30日,國家自然科學基金委員會發(fā)布的《關(guān)于發(fā)布生命科學部2021年度指南引導類原創(chuàng)探索計劃項目指南的通告》中,也表達了對于空間多維組學的資助支持。2021年11月推出的“鹿明空間代謝組千萬醫(yī)學支持計劃(***期)”獲得了許多科研工作者的關(guān)注及參與...
獲取空間代謝組學圖像。計算了負離子和正離子模式下的平均空間代謝質(zhì)譜(圖5D,G)以及平均差譜,以突出不同樣品的空間代謝質(zhì)譜之間的差異(圖5E,H)。制作的圖像顯示了屬于注射側(cè)(紅色)或非注射側(cè)(綠色)的后驗概率。該分析基本證實了拉曼光譜特征,與對側(cè)正常側(cè)(非注...
通過空間代謝組學檢測到正常腎臟與MYC誘導的**之間的GPs豐度(m/z:700–1000),發(fā)現(xiàn)兩組存在***差異,尤其是m/z在865的***增加。?;鶄?cè)鏈較短(18個碳或更少)的PG在MYC***的前15天呈現(xiàn)增加趨勢,然后開始減少,但?;鶄?cè)鏈較長的PG...
本篇為2021年8月,國家**中心中國醫(yī)學院科學院**醫(yī)院崔巍研究員與專業(yè)多組學技術(shù)團隊合作在醫(yī)學一區(qū)消化道領(lǐng)域國際期刊《GUT》期刊發(fā)表了題的研究成果,通過非靶向代謝組、靶向代謝組以及AFADESI-MSI空間代謝組學(研究方法,整合了宏基因組的數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)了...
空間代謝組學:食道腺*是全球第八大崔常見的惡性**發(fā)病率正在持續(xù)上升,但存活率仍然很低,目前急需新的工具來提高早期診斷和精確***。脂質(zhì)代謝紊亂與**的發(fā)***展密切相關(guān),大多數(shù)脂質(zhì)以甘油磷脂(GPLs)的形式儲存在雙分子膜中,基于甘油磷脂具有較穩(wěn)定的物理化學...
母文庫實驗由歐易生物完成。2021年3月16日,寧波大學陳劍平院士、孫宗濤研究員為共同通訊作者,在PNAS雜志(IF:9.412)在線發(fā)表了題為“Aclassofindependentlyevolvedtranscriptionalrepressorsinpl...
歐易生物酵母文庫技術(shù)發(fā)表的又一篇高水平研究論文。植物***茉莉酸(JA)參與植物許多發(fā)育過程的調(diào)控。JAZ蛋白是茉莉酸信號反應的阻遏物,通過抑制JA轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)劑來負向調(diào)節(jié)JA信號?;ㄇ嗨睾驮ㄇ嗨厥欠N子、葉、花和果實中重要的植物次生代謝產(chǎn)物,可充當抗氧化劑,幫助...
作者使用NMR對C原子進行示蹤實驗,發(fā)現(xiàn)MYC驅(qū)動葡萄糖和谷氨酰胺的C參與脂肪生成(圖3)。采用空間代謝組學檢測小鼠模型以及人BCL細胞中的FA,發(fā)現(xiàn)MYC**中不飽和脂肪酸(FA(18:1))的豐度增加。進一步發(fā)現(xiàn)13C-油酸酯在MYC誘導的BCL細胞未發(fā)生...
鹿明生物空間代謝組學項目實測結(jié)果1、可實現(xiàn)代謝物定性數(shù)量:1000-3000個代謝物。2、定性代謝物類型:不噴涂基質(zhì),小分子物質(zhì)檢測不被基質(zhì)抑制,定性物質(zhì)約70%為700Da以下的小分子物質(zhì),30%為脂質(zhì)大分子??臻g多組學聯(lián)合:空間代謝+空間轉(zhuǎn)錄2021年即擁...
通過酵母雙雜交文庫進行了互作蛋白的篩選,結(jié)果顯示TaTIFY9可以與TaSRL1相互作用(下圖A),并通過Bi-FC、熒光互補實驗得以證實(圖B-C)。TaTIFY9屬于茉莉酸信號途徑關(guān)鍵因子JAZ家族的成員之一。RT-PCR顯示TaTIFY9也主要表達于小麥...
酵母文庫實驗本研究鑒定了一個可以與MdMYB9相互作用的蛋白MdTRB1。實驗表明,MdTRB1可以正向調(diào)節(jié)花青素和原花青素的累積。MdTRB1與MdMYB9結(jié)合可以增強后者對下游基因的轉(zhuǎn)錄***活性。而MdTRB1與MdJAZ1的結(jié)合,可以干擾其與MdMYB...
鹿明生物空間代謝組學項目實測結(jié)果1、可實現(xiàn)代謝物定性數(shù)量:1000-3000個代謝物。2、定性代謝物類型:不噴涂基質(zhì),小分子物質(zhì)檢測不被基質(zhì)抑制,定性物質(zhì)約70%為700Da以下的小分子物質(zhì),30%為脂質(zhì)大分子??臻g多組學聯(lián)合:空間代謝+空間轉(zhuǎn)錄2021年即擁...
小歐從2018年即開始關(guān)注酵母雜交與高通量測序相結(jié)合的技術(shù)發(fā)展,如2017年CaoGang老師等發(fā)表的RLL-Y2H技術(shù),實現(xiàn)了文庫篩文庫可能,該技術(shù)通過對酵母雙雜常用載體的改造,并結(jié)合高通量測序,可直接獲得AD-BD互作蛋白對。所用方法相當巧妙,感興趣的同學...
空間代謝組學研究作者對P493-6B細胞淋巴瘤系(BCL)進行了全基因組表達譜、核突變和ChIP分析,發(fā)現(xiàn)MYC誘導增加了包括ACLY、ACACA、FASN和SCD1及其相關(guān)蛋白在內(nèi)的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表達,在MYC誘導的肝細胞*(HCC)、急性...
酵母雙雜交技術(shù),自創(chuàng)建以來被廣泛應用于蛋白互作研究領(lǐng)域,在生命科學的基礎探秘研究中起著重要作用。然而該技術(shù)設計初衷,*是斯坦利先生為了完成申請學校經(jīng)費的目的。該技術(shù)設計巧妙,它的許多優(yōu)點在設計之初并未顯現(xiàn),反而在這么多年的高頻使用和進一步開發(fā)利用過程中越發(fā)明顯...
酵母文庫實驗本研究鑒定了一個可以與MdMYB9相互作用的蛋白MdTRB1。實驗表明,MdTRB1可以正向調(diào)節(jié)花青素和原花青素的累積。MdTRB1與MdMYB9結(jié)合可以增強后者對下游基因的轉(zhuǎn)錄***活性。而MdTRB1與MdJAZ1的結(jié)合,可以干擾其與MdMYB...
酵母雙雜交文庫:為研究松樹生長時相轉(zhuǎn)變和生殖發(fā)育的奧秘,本研究收集了油松 7 個年齡段的葉片進行了轉(zhuǎn)錄組測序。加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡分析(WGCNA)鑒定到一個與年齡***相關(guān)的基因模塊(圖 A)。按照表達模式,可以分為 2 個子模塊:隨年齡增長而表達上升的基因子...
AFADESI-MSI空間代謝組學:生物組織**能代謝物的空間分布可以更深層次的理解組織特異性分子組織學和病理學。問題的**在于開發(fā)一種非靶向、高靈敏度、高覆蓋和高特異性的成像方法,能夠可視化大量代謝產(chǎn)物在其自然狀態(tài)下的空間分布。將功能代謝物的空間和時間變化與...
酵母雜交試驗:隨著分子生物學研究進入以蛋白質(zhì)組學為標志的后基因組時代,蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用、蛋白質(zhì)-DNA相互作用已成為互作組學研究的熱門主題。人類基因粗略約編碼2萬種蛋白,只算一對一的相互作用種類也有12萬到100萬種。而加上動態(tài)變化,每個物種、個體、細胞...