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代謝組學(xué)”的主流研究工具有：GC-MS（氣相色譜）GC-MS是代謝組學(xué)研究的經(jīng)典技術(shù)，具有技術(shù)成熟穩(wěn)定、靈敏度高等特點(diǎn)，同時(shí)，由于具有相對(duì)完善的數(shù)據(jù)庫(kù)，使得定性也更為準(zhǔn)確可靠，缺點(diǎn)則主要表現(xiàn)在樣品處理相對(duì)復(fù)雜，對(duì)于不易衍生化的物質(zhì)定性和定量較困難。LC-MS（...

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot，這些捕獲探針的 Po...

單細(xì)胞測(cè)序并非**對(duì)一個(gè)細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序，而是對(duì)單一細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行捕獲和檢測(cè)，可以理解為單細(xì)胞水平上的測(cè)序，能同時(shí)測(cè)序成千上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)和應(yīng)用，能夠完全反映組織里不同細(xì)胞群體的異質(zhì)性信息，幫助獲得許多嶄新的科研見(jiàn)解，帶領(lǐng)生物學(xué)研究進(jìn)入了一個(gè)新次...

采用RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析和DIA蛋白質(zhì)組學(xué)分析，研究了AC和AL對(duì)db/db小鼠的影響。轉(zhuǎn)錄組分析共鑒定出16812種不同的蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄本。其中，2837個(gè)（約16.9%）在正常組和對(duì)照組之間有***差異，表明db/db小鼠在轉(zhuǎn)錄水平上與野生型小鼠**...

蛋白質(zhì)是生命功能的直接體現(xiàn)者，近幾年來(lái)，蛋白質(zhì)組研究越來(lái)越多的體現(xiàn)在多種疾病機(jī)理的闡明，為科研問(wèn)題攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過(guò)蛋白質(zhì)組比較分析，找到特異性的蛋白，成為新藥物設(shè)計(jì)的分子靶點(diǎn)，為疾病的早期診斷提供分子標(biāo)志。然而生物體內(nèi)的蛋白組學(xué)是一個(gè)非常復(fù)雜的...

通過(guò)空間代謝組學(xué)測(cè)量了四種轉(zhuǎn)基因小鼠模型（肺*（LC）、RCC、HCC和T-ALL）中甘油磷脂（GPs）的含量，發(fā)現(xiàn)在不同的**中，MYC誘導(dǎo)改變了磷酸酰甘油（PGs）的豐度（圖 4A），能夠增加了大多數(shù)PG物質(zhì)。MYC失活后，PG豐度恢復(fù)到基礎(chǔ)水平（圖 4B...

空間代謝組學(xué)：質(zhì)譜成像技術(shù)近二十年來(lái)，隨著質(zhì)譜離子化技術(shù)的不斷發(fā)展，質(zhì)譜成像技術(shù)因其能夠直觀、快速、簡(jiǎn)便地呈現(xiàn)出分子在細(xì)胞或組織中的結(jié)構(gòu)、空間與時(shí)間分布等信息，越來(lái)越受到大家的關(guān)注。并且質(zhì)譜成像技術(shù)也被***的用在**疾病研究、藥物前期發(fā)現(xiàn)等各領(lǐng)域的高質(zhì)量文章...

質(zhì)譜成像（Mass Spectrometry Imaging, MSI）作為一種新型的分子影像技術(shù)，能夠直接從生物組織中獲得大量已知或未知的內(nèi)源性代謝物和外源***物等分子的結(jié)構(gòu)、含量和空間分布信息。相對(duì)于其他成像方法（如熒光成像、放射性標(biāo)記成像等），該技術(shù)無(wú)...

1.樣本準(zhǔn)備Sprague-Dawley大鼠模型腹腔注射東莨菪堿后被殺死（處理組，3只），對(duì)照組大鼠（3只）也用同樣方法殺死。獲取大鼠整個(gè)大腦，在低溫下將大腦切成連續(xù)的矢狀切片（暴露出海馬和紋狀體），用于Nissl染色、H&E染色和質(zhì)譜成像檢測(cè)。2.空間代謝組...

展示了空間代謝組成像技術(shù)的應(yīng)用。這一分析***表明脫髓鞘后新形成的髓鞘具有與正常髓鞘不同的脂質(zhì)成分。因此，這種HSL方法學(xué)可能**提高目前對(duì)多發(fā)性硬化癥再髓鞘形成的理解，并可能為多發(fā)性硬化癥研究中評(píng)估再髓鞘形成***提供一種新的策略。此外，HSL方法可以針對(duì)*...

本篇小鹿分享一篇空間代謝組學(xué)專業(yè)應(yīng)用技術(shù)文章，探究空間代謝組學(xué)如何進(jìn)行前列腺*診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物的差異研究？該研究發(fā)現(xiàn)了前列腺*樣本中的特定組織區(qū)室的不同代謝特征，確定了幾種可能被進(jìn)一步開(kāi)發(fā)為前列腺*的診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物的差異代謝物和脂質(zhì)?？臻g代謝組學(xué)能夠...

2021年9月30日，國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)發(fā)布的《關(guān)于發(fā)布生命科學(xué)部2021年度指南引導(dǎo)類原創(chuàng)探索計(jì)劃項(xiàng)目指南的通告》中，也表達(dá)了對(duì)于空間多維組學(xué)的資助支持。2021年11月推出的“鹿明空間代謝組千萬(wàn)醫(yī)學(xué)支持計(jì)劃（***期）”獲得了許多科研工作者的關(guān)注及參與...

獲取空間代謝組學(xué)圖像。計(jì)算了負(fù)離子和正離子模式下的平均空間代謝質(zhì)譜（圖5D，G）以及平均差譜，以突出不同樣品的空間代謝質(zhì)譜之間的差異（圖5E，H）。制作的圖像顯示了屬于注射側(cè)（紅色）或非注射側(cè)（綠色）的后驗(yàn)概率。該分析基本證實(shí)了拉曼光譜特征，與對(duì)側(cè)正常側(cè)（非注...

通過(guò)空間代謝組學(xué)檢測(cè)到正常腎臟與MYC誘導(dǎo)的**之間的GPs豐度（m/z：700–1000），發(fā)現(xiàn)兩組存在***差異，尤其是m/z在865的***增加。酰基側(cè)鏈較短（18個(gè)碳或更少）的PG在MYC***的前15天呈現(xiàn)增加趨勢(shì)，然后開(kāi)始減少，但酰基側(cè)鏈較長(zhǎng)的PG...

本篇為2021年8月，國(guó)家**中心中國(guó)醫(yī)學(xué)院科學(xué)院**醫(yī)院崔巍研究員與專業(yè)多組學(xué)技術(shù)團(tuán)隊(duì)合作在醫(yī)學(xué)一區(qū)消化道領(lǐng)域國(guó)際期刊《GUT》期刊發(fā)表了題的研究成果，通過(guò)非靶向代謝組、靶向代謝組以及AFADESI-MSI空間代謝組學(xué)(研究方法，整合了宏基因組的數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)了...

空間代謝組學(xué)：食道腺*是全球第八大崔常見(jiàn)的惡性**發(fā)病率正在持續(xù)上升，但存活率仍然很低，目前急需新的工具來(lái)提高早期診斷和精確***。脂質(zhì)代謝紊亂與**的發(fā)***展密切相關(guān)，大多數(shù)脂質(zhì)以甘油磷脂（GPLs）的形式儲(chǔ)存在雙分子膜中，基于甘油磷脂具有較穩(wěn)定的物理化學(xué)...

母文庫(kù)實(shí)驗(yàn)由歐易生物完成。2021年3月16日，寧波大學(xué)陳劍平院士、孫宗濤研究員為共同通訊作者，在PNAS雜志（IF:9.412）在線發(fā)表了題為“Aclassofindependentlyevolvedtranscriptionalrepressorsinpl...

歐易生物酵母文庫(kù)技術(shù)發(fā)表的又一篇高水平研究論文。植物***茉莉酸(JA)參與植物許多發(fā)育過(guò)程的調(diào)控。JAZ蛋白是茉莉酸信號(hào)反應(yīng)的阻遏物，通過(guò)抑制JA轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)劑來(lái)負(fù)向調(diào)節(jié)JA信號(hào)。花青素和原花青素是種子、葉、花和果實(shí)中重要的植物次生代謝產(chǎn)物，可充當(dāng)抗氧化劑，幫助...

作者使用NMR對(duì)C原子進(jìn)行示蹤實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)MYC驅(qū)動(dòng)葡萄糖和谷氨酰胺的C參與脂肪生成（圖3）。采用空間代謝組學(xué)檢測(cè)小鼠模型以及人BCL細(xì)胞中的FA，發(fā)現(xiàn)MYC**中不飽和脂肪酸（FA（18：1））的豐度增加。進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)13C-油酸酯在MYC誘導(dǎo)的BCL細(xì)胞未發(fā)生...

鹿明生物空間代謝組學(xué)項(xiàng)目實(shí)測(cè)結(jié)果1、可實(shí)現(xiàn)代謝物定性數(shù)量：1000-3000個(gè)代謝物。2、定性代謝物類型：不噴涂基質(zhì)，小分子物質(zhì)檢測(cè)不被基質(zhì)抑制，定性物質(zhì)約70%為700Da以下的小分子物質(zhì)，30%為脂質(zhì)大分子。空間多組學(xué)聯(lián)合：空間代謝+空間轉(zhuǎn)錄2021年即擁...

通過(guò)酵母雙雜交文庫(kù)進(jìn)行了互作蛋白的篩選，結(jié)果顯示TaTIFY9可以與TaSRL1相互作用（下圖A），并通過(guò)Bi-FC、熒光互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)得以證實(shí)（圖B-C）。TaTIFY9屬于茉莉酸信號(hào)途徑關(guān)鍵因子JAZ家族的成員之一。RT-PCR顯示TaTIFY9也主要表達(dá)于小麥...

酵母文庫(kù)實(shí)驗(yàn)本研究鑒定了一個(gè)可以與MdMYB9相互作用的蛋白MdTRB1。實(shí)驗(yàn)表明，MdTRB1可以正向調(diào)節(jié)花青素和原花青素的累積。MdTRB1與MdMYB9結(jié)合可以增強(qiáng)后者對(duì)下游基因的轉(zhuǎn)錄***活性。而MdTRB1與MdJAZ1的結(jié)合，可以干擾其與MdMYB...

鹿明生物空間代謝組學(xué)項(xiàng)目實(shí)測(cè)結(jié)果1、可實(shí)現(xiàn)代謝物定性數(shù)量：1000-3000個(gè)代謝物。2、定性代謝物類型：不噴涂基質(zhì)，小分子物質(zhì)檢測(cè)不被基質(zhì)抑制，定性物質(zhì)約70%為700Da以下的小分子物質(zhì)，30%為脂質(zhì)大分子?？臻g多組學(xué)聯(lián)合：空間代謝+空間轉(zhuǎn)錄2021年即擁...

小歐從2018年即開(kāi)始關(guān)注酵母雜交與高通量測(cè)序相結(jié)合的技術(shù)發(fā)展，如2017年CaoGang老師等發(fā)表的RLL-Y2H技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了文庫(kù)篩文庫(kù)可能，該技術(shù)通過(guò)對(duì)酵母雙雜常用載體的改造，并結(jié)合高通量測(cè)序，可直接獲得AD-BD互作蛋白對(duì)。所用方法相當(dāng)巧妙，感興趣的同學(xué)...

空間代謝組學(xué)研究作者對(duì)P493-6B細(xì)胞淋巴瘤系（BCL）進(jìn)行了全基因組表達(dá)譜、核突變和ChIP分析，發(fā)現(xiàn)MYC誘導(dǎo)增加了包括ACLY、ACACA、FASN和SCD1及其相關(guān)蛋白在內(nèi)的脂肪酸（FA）合成基因的mRNA表達(dá)，在MYC誘導(dǎo)的肝細(xì)胞*（HCC）、急性...

酵母雙雜交技術(shù)，自創(chuàng)建以來(lái)被廣泛應(yīng)用于蛋白互作研究領(lǐng)域，在生命科學(xué)的基礎(chǔ)探秘研究中起著重要作用。然而該技術(shù)設(shè)計(jì)初衷，*是斯坦利先生為了完成申請(qǐng)學(xué)校經(jīng)費(fèi)的目的。該技術(shù)設(shè)計(jì)巧妙，它的許多優(yōu)點(diǎn)在設(shè)計(jì)之初并未顯現(xiàn)，反而在這么多年的高頻使用和進(jìn)一步開(kāi)發(fā)利用過(guò)程中越發(fā)明顯...

酵母文庫(kù)實(shí)驗(yàn)本研究鑒定了一個(gè)可以與MdMYB9相互作用的蛋白MdTRB1。實(shí)驗(yàn)表明，MdTRB1可以正向調(diào)節(jié)花青素和原花青素的累積。MdTRB1與MdMYB9結(jié)合可以增強(qiáng)后者對(duì)下游基因的轉(zhuǎn)錄***活性。而MdTRB1與MdJAZ1的結(jié)合，可以干擾其與MdMYB...

酵母雙雜交文庫(kù)：為研究松樹生長(zhǎng)時(shí)相轉(zhuǎn)變和生殖發(fā)育的奧秘，本研究收集了油松 7 個(gè)年齡段的葉片進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）鑒定到一個(gè)與年齡***相關(guān)的基因模塊（圖 A）。按照表達(dá)模式，可以分為 2 個(gè)子模塊：隨年齡增長(zhǎng)而表達(dá)上升的基因子...

AFADESI-MSI空間代謝組學(xué)：生物組織**能代謝物的空間分布可以更深層次的理解組織特異性分子組織學(xué)和病理學(xué)。問(wèn)題的**在于開(kāi)發(fā)一種非靶向、高靈敏度、高覆蓋和高特異性的成像方法，能夠可視化大量代謝產(chǎn)物在其自然狀態(tài)下的空間分布。將功能代謝物的空間和時(shí)間變化與...

酵母雜交試驗(yàn):隨著分子生物學(xué)研究進(jìn)入以蛋白質(zhì)組學(xué)為標(biāo)志的后基因組時(shí)代，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用、蛋白質(zhì)-DNA相互作用已成為互作組學(xué)研究的熱門主題。人類基因粗略約編碼2萬(wàn)種蛋白，只算一對(duì)一的相互作用種類也有12萬(wàn)到100萬(wàn)種。而加上動(dòng)態(tài)變化，每個(gè)物種、個(gè)體、細(xì)胞...