空間代謝組學(xué):質(zhì)譜成像方法提供了一種直接獲取代謝網(wǎng)絡(luò)信息的途徑,以系統(tǒng)地深入了解大腦的代謝活動(dòng)。基于KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的Metaboanalyst軟件進(jìn)行代謝網(wǎng)絡(luò)分析。共找到20條KEGG代謝通路,包含126個(gè)具有微區(qū)信息的代謝物,圖2顯示了涉及丙氨酸-天冬氨酸和谷氨酸代謝、花生四烯酸代謝、精氨酸和脯氨酸代謝、肌酸途徑、GABA能突觸、葡萄糖代謝、谷胱甘肽代謝、甘油磷脂代謝、甘氨酸-絲氨酸和蘇氨酸的代謝、組氨酸代謝、賴氨酸代謝、苯丙氨酸代謝、多胺代謝途徑、嘌呤代謝、嘧啶代謝和TCA循環(huán)、色氨酸代謝、酪氨酸代謝、纈氨酸-亮氨酸和異亮氨酸代謝和類固醇***合成途徑。質(zhì)譜成像技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)生物上千代謝物的定性。重慶空間代謝組學(xué)鹿明
空間代謝組學(xué):中文標(biāo)題:糞便宏基因組和血清代謝組的整合分析揭示腸道微生物組相關(guān)代謝物在結(jié)直腸*和腺瘤檢測(cè)的作用研究對(duì)象:人糞便、血清、組織發(fā)表期刊:Gut影響因子:23.059發(fā)表時(shí)間:2021年8月發(fā)表單位:國(guó)家**中心中國(guó)醫(yī)學(xué)院科學(xué)院**醫(yī)院運(yùn)用生物技術(shù):AFADESI-MSI空間代謝組學(xué)、LC-MS非靶代謝組、宏基因組、靶向代謝組學(xué)空間代謝組學(xué)由賀玖明教授團(tuán)隊(duì)提供技術(shù)支持。結(jié)直腸*(CRC)的早期診斷是提高患者生存率的有效方式。目前臨床常用的非侵入性和入侵式檢測(cè)方法因其準(zhǔn)確率低或?qū)颊咴斐蓚Γ笠?guī)模使用仍受限制。因此,發(fā)展無(wú)創(chuàng)且準(zhǔn)確的檢測(cè)方法變得尤為重要。重慶空間代謝組學(xué)鹿明一文讀懂空間代謝組學(xué):DESI-IMS與MALDI-IMS的區(qū)別。
作者進(jìn)行了空間代謝組學(xué)(~50μm的空間分辨率),并根據(jù)m/z848.63和m/z844.52對(duì)主要的髓鞘標(biāo)志物進(jìn)行了成像,推測(cè)它們分別屬于Cer(D18:1/24:1)和PC(38:6)(圖2G)。白質(zhì)和灰質(zhì)的代表性質(zhì)譜如圖2H所示。結(jié)果表明,使用拉曼光譜結(jié)構(gòu)信息和空間代謝組學(xué)對(duì)髓鞘中的脂質(zhì)進(jìn)行特定的成分分析是可能的。對(duì)單個(gè)有髓組織成分光譜的分析證實(shí),構(gòu)成有髓組織光譜的主要分子是脂質(zhì),包括腦苷脂、膽固醇、鞘磷脂、磷脂酰膽堿,以及程度較小的蛋白質(zhì)(圖2F)。
空間代謝組學(xué)能夠在復(fù)雜的EA微環(huán)境中區(qū)分組織類型,本文作者使用兩個(gè)隊(duì)列對(duì)食管腺*的甘油磷脂特征進(jìn)行了表征。**初運(yùn)用空間代謝組學(xué)對(duì)連續(xù)患者的成對(duì)手術(shù)切除活檢(EA和MHEE)進(jìn)行甘油磷脂差異分析;(樣本策略)選擇這種取樣方法的目的是為了進(jìn)行手術(shù)切緣分析,并通過(guò)取樣更大的樣本來(lái)克服**的區(qū)域代謝組學(xué)差異。接下來(lái),采用內(nèi)窺鏡活檢對(duì)第二組人群進(jìn)行采樣。這樣就可以從健康的志愿者和Barrett化***育不良的患者身上獲得標(biāo)本。這樣還使作者能夠驗(yàn)證***個(gè)隊(duì)列的發(fā)現(xiàn),調(diào)查該技術(shù)在小樣本上的表現(xiàn),并演示在內(nèi)鏡套件中促進(jìn)診斷的第二次臨床應(yīng)用??臻g代謝組學(xué)二維乃至三維的水平,極大拓展了對(duì)組學(xué)樣品信息的認(rèn)知。
空間代謝組學(xué)研究:一區(qū) | IF:14.553多發(fā)性硬化癥的相關(guān)空間代謝組學(xué)研究。本文為倫敦帝國(guó)理工學(xué)院Zoltan Takats教授課題組在ACS central science期刊發(fā)表的題為“Correlated Heterospectral Lipidomics for Biomolecular Profiling of Remyelination in Multiple Sclerosis"的研究成果,通過(guò)拉曼+空間代謝組學(xué)+IHC研究方法,發(fā)現(xiàn)了新形成的髓鞘與正常髓鞘具有不同的脂質(zhì)成分,探究了多發(fā)性硬化中再髓鞘化形成的機(jī)理,描繪了用于關(guān)聯(lián)生物分子結(jié)構(gòu)和髓鞘成分的分子成像圖譜,為評(píng)估再髓鞘化***提供新策略??臻g代謝組技術(shù)流程 。重慶空間代謝組學(xué)鹿明
空間分辨代謝組學(xué)代謝組相關(guān)材料。重慶空間代謝組學(xué)鹿明
隊(duì)列1:收集手術(shù)切除的食管腺*(EA)組織和與之匹配的健康食管上皮組織(MHEE)。隊(duì)列2:收集健康食管上皮組織(來(lái)自健康志愿者,HEE)和未經(jīng)***的食管炎(IEE)、巴雷特化生(BM)、巴雷特增生(BD)和食管腺*(EA)活檢樣本,用于發(fā)現(xiàn)食管腺*發(fā)展進(jìn)程中甘油磷脂的變化,以及隊(duì)列1的外部驗(yàn)證。樣本制備:樣本制成冰凍組織切片,并結(jié)合H&E染色。研究方法:空間代謝組學(xué);qPCR檢測(cè)甘油磷脂合成通路中基因的表達(dá);細(xì)胞轉(zhuǎn)染沉默ACYL基因;免疫組化用于分析隊(duì)列1樣本中脂肪酸從頭合成通路關(guān)鍵酶的表達(dá)。重慶空間代謝組學(xué)鹿明
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