4D蛋白組學：tims TOF Pro2依賴于雙捕集離子淌度（TIMS）和同步累積連續(xù)碎裂（PASEF）數(shù)據(jù)采集模式兩大創(chuàng)新技術(shù)，可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性。同時，其配備了***一代雙 TIMS 分析器，離子容量可提高三倍，比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，讓蛋白質(zhì)組學分析再上一個新的臺階，鹿明生物同時配備了Evosep One高通量色譜使其在短梯度下也能實現(xiàn)蛋白深度覆蓋，結(jié)果更精細，也成為轉(zhuǎn)化組學應(yīng)用不可或缺的工具。更高掃描速度：助力臨床大隊列項目研究，更高覆蓋深度：助力蛋白組鑒定到更多的蛋白數(shù)量，超高靈敏度：助力微量樣本蛋白組分析，鑒定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鑒定。蛋白組學研究組織,血液,植物,尿液,動物,細胞樣品,酵母,微生物.。北京蛋白組學測試
蛋白組學研究案例：2022年1月，歐易/鹿明生物合作客戶北京中醫(yī)藥大學教育部中醫(yī)養(yǎng)生學重點實驗室劉銅華教授課題組在Frontiers in Nutrition期刊發(fā)表了題為 “Mechanisms for Improving Hepatic Glucolipid Metabolism by Cinnamic Acid and Cinnamic Aldehyde: An Insight Provided by Multi-Omics ”的研究成果，通過轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了肉桂酸（AC）和肉桂醛（AL）在改善葡萄糖脂代謝中的特征，探究了其代謝作用機理。為預(yù)防和***代謝紊亂等疾病提供了理論依據(jù)。浙江蛋白組學的結(jié)果蛋白組學專業(yè)客服在線為您答疑 。
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質(zhì)對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進一步證實了蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。一站式服務(wù),研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達的變化。
綜上所述，本研究應(yīng)用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)合iTRAQ蛋白質(zhì)組學技術(shù)，探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態(tài)變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化，其中317個DAPs被轉(zhuǎn)錄組結(jié)果覆蓋。結(jié)合結(jié)構(gòu)基因(蛋白)或轉(zhuǎn)錄因子的表達譜及相應(yīng)化合物的含量，對重要代謝產(chǎn)物的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行了探討。結(jié)果表明，黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱，而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。單細胞蛋白質(zhì)組學，極微量樣本檢測。遼寧代謝組學與蛋白組學
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蛋白質(zhì)組學、磷酸化蛋白質(zhì)組學研究案例：2021年12月30日復(fù)旦大學附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學、磷酸化蛋白質(zhì)組學、微生物組學研究方法對262例肝內(nèi)膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內(nèi)膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預(yù)后等提供了寶貴的資源。北京蛋白組學測試
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