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內(nèi)蒙古蛋白組學(xué) 數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-11-10

蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例:2021年12月30日復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學(xué)院分子細胞科學(xué)***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文,通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、微生物組學(xué)研究方法對262例肝內(nèi)膽管*(iCCA)患者的配對**和*旁組織進行了分析,通過繪制肝內(nèi)膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預(yù)后等提供了寶貴的資源。蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學(xué)三大基本技術(shù)。內(nèi)蒙古蛋白組學(xué) 數(shù)據(jù)分析

本文為中國科學(xué)院海岸帶研究所趙建民課題組在ScienceoftheTotalEnvironment期刊發(fā)表了的文章,通過iTRAQ標記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究弧菌***加劇了海洋酸化造成的牡蠣免疫抑制效應(yīng)。海洋酸化可能增加海洋軟體動物疾病加劇的風險。從而將產(chǎn)生重大的經(jīng)濟和生態(tài)影響,因此本研究結(jié)果具有重要的指導(dǎo)意義。在本研究中,研究者將太平洋牡蠣暴露于酸化海水(約2000ppm)中28天,然后用金氏弧菌進行***處理,以此研究海洋酸化是否會影響牡蠣對病原菌***的免疫反應(yīng)。此外,利用基于iTRAQ的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法,對牡蠣鰓這一潛在的造血部位進行了研究,以分析對OA和金氏弧菌共同作用較敏感的生理過程。內(nèi)蒙古蛋白組學(xué) 數(shù)據(jù)分析歐易鹿明生物蛋白質(zhì)研究技術(shù)。

iTRAQ標記定量蛋白組學(xué)研究方法:2021年4月,南京林業(yè)大學(xué)喻方圓教授(一作:吳岐奎)課題組在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊發(fā)表了題為“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果,通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)+iTRAQ標記定量蛋白組學(xué)研究方法,分析東京野茉莉種子發(fā)育過程中脂肪酸生物合成相關(guān)基因的表達趨勢,確定油脂積累的主要影響因子并構(gòu)建其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為野茉莉?qū)僦参锓N子油用研究和后續(xù)功能分析研究提供了一定的研究基礎(chǔ)。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因(DEG)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個DEG,其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個DEG,其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明,轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學(xué)過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學(xué)分析中,富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運”等生物學(xué)過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān),而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān),這與轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果一致。蛋白質(zhì)組學(xué)多組學(xué)分析蛋白質(zhì)組學(xué)研究進展。

iTRAQ標記蛋白組學(xué)研究方法:2021年12月歐易/鹿明生物合作客戶甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)孫萬倉教授課題組在Scientific Reports期刊發(fā)表的題為 “iTRAQ-Based Quantitative Proteome Analysis Insights into Cold Stress of Winter Turnip Rapa (Brassica rapa L.) Grown in the Field ”的研究成果,通過iTRAQ標記蛋白組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法,探究了莖尖分生組織的形態(tài)對冬油菜低溫耐受性中的作用。中文標題:iTRAQ標記蛋白質(zhì)組學(xué)分析揭示了低溫脅迫對田間生長冬油菜的影響研究對象:白菜型冬油菜發(fā)表期刊:ScientificReports影響因子:4.17蛋白組學(xué)技術(shù)對腎錯構(gòu)瘤尿液差異蛋白的研究。江西蛋白組學(xué)服務(wù)

歐易鹿明生物基于質(zhì)譜技術(shù),生物信息學(xué)方法,提供蛋白質(zhì)組學(xué)。內(nèi)蒙古蛋白組學(xué) 數(shù)據(jù)分析

作者通過iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)鑒定敲低NMT1后發(fā)生變化的蛋白質(zhì)。結(jié)果鑒定到三種上調(diào)蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六種下調(diào)蛋白(NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF)(圖2A)。作者將這些蛋白質(zhì)分別命名為N-豆蔻酰化下調(diào)蛋白(NDP)和上調(diào)蛋白(NUP)。有趣的是,敲低NMT1會減少NDP和NUP的N-豆蔻?;?,而過表達NMT1會誘導(dǎo)NDP和NUP的N-豆蔻?;▓D2B)。在小鼠模型中,敲除NMT1會導(dǎo)致NDP和NUP的去N-豆蔻?;?,這可以通過在肝臟中表達外源性NMT1來部分逆轉(zhuǎn)(圖2C)。這些發(fā)現(xiàn)表明,盡管NMT1對NDP和NUP的表達起著相反的作用,但NMT1同時刺激NDP和NUP的N-豆蔻?;?nèi)蒙古蛋白組學(xué) 數(shù)據(jù)分析

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