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廣東空間代謝組學(xué) 書籍

來源: 發(fā)布時(shí)間:2023-03-22

1.樣本準(zhǔn)備Sprague-Dawley大鼠模型腹腔注射東莨菪堿后被殺死(處理組,3只),對(duì)照組大鼠(3只)也用同樣方法殺死。獲取大鼠整個(gè)大腦,在低溫下將大腦切成連續(xù)的矢狀切片(暴露出海馬和紋狀體),用于Nissl染色、H&E染色和質(zhì)譜成像檢測。2.空間代謝組實(shí)驗(yàn)使用AFADESI-MSI分析,代謝物質(zhì)量數(shù)范圍50-500Da,質(zhì)譜分辨率70,000。3.數(shù)據(jù)處理和代謝網(wǎng)絡(luò)分析原始數(shù)據(jù)經(jīng)過轉(zhuǎn)化,再使用自建MassImager軟件獲取成像結(jié)果;在獲取差異代謝物的高分辨率質(zhì)譜信息后,使用Metaboanalys在線數(shù)據(jù)挖掘軟件以褐家鼠(rattusnorvegicus)為參考完成代謝物高通量定性,并輸出代謝網(wǎng)絡(luò)信息。大腦中復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)可視化使用Cyctoscope軟件完成??臻g代謝組分析測序服務(wù)。廣東空間代謝組學(xué) 書籍

如空間代謝組。研究中開發(fā)了一種新的基于拉曼光譜和空間代謝組學(xué)分析的脂質(zhì)組學(xué)(HSL)成像策略,用于分子表征和定量再髓鞘形成,并通過特定髓鞘蛋白的免疫標(biāo)記進(jìn)行了驗(yàn)證。利用拉曼和空間代謝組學(xué)數(shù)據(jù)生成了分子成像圖譜,用于體外組織的生物分子結(jié)構(gòu)和組成的關(guān)聯(lián)。將相關(guān)脂質(zhì)組成像方法應(yīng)用于局灶性脫髓鞘小鼠模型和多發(fā)性硬化癥死后腦標(biāo)本的髓鞘再分化研究。發(fā)現(xiàn)不僅在脫髓鞘腦組織和正常腦組織之間,在有髓鞘組織和正常有髓組織之間,脂質(zhì)成分皆存在差異。湖南空間代謝組學(xué)的質(zhì)譜成像定量和定位分析,結(jié)合生物信息學(xué)分析,發(fā)展為空間代謝組學(xué)方法。

AFADESI-MSI空間代謝組學(xué):1、已落地執(zhí)行項(xiàng)目100+,其中包括藥物在組織中的分布、多種疾病類型和不同處理手段下組織中代謝物的空間成像檢測。2、檢測組織樣本類型20+。高準(zhǔn)性的定性算法通過物質(zhì)表達(dá)空間情況、加和離子及同位素峰表達(dá)強(qiáng)度相似性、同位素表達(dá)空間分布相似性進(jìn)行初步代謝物注釋,并可基于專屬物種組織類型數(shù)據(jù)庫或非靶質(zhì)譜數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上在初步注釋結(jié)果基礎(chǔ)上進(jìn)一步獲得更加準(zhǔn)確定性的結(jié)果。已形成心、肝、腦等多個(gè)組織的空間代謝組專屬數(shù)據(jù)庫。

以上結(jié)果表明,AFADESI-MSI方法可以直接檢測極性代謝產(chǎn)物,并具有高特異性,能呈現(xiàn)其在大腦微區(qū)分布的圖像。3.在大鼠腦中繪制微區(qū)代謝網(wǎng)絡(luò)圖要了解大腦的結(jié)構(gòu)區(qū)域發(fā)生的復(fù)雜代謝過程,不僅應(yīng)準(zhǔn)確表征代謝物,還要研究其相關(guān)性。從大鼠腦微區(qū)中提取代謝譜進(jìn)行代謝網(wǎng)絡(luò)重建。從15個(gè)微區(qū)提取的MSI數(shù)據(jù)進(jìn)行峰挑選和峰對(duì)齊(圖1F),包括松果體、中腦導(dǎo)水管、腦橋、梨狀皮質(zhì)、延髓、丘腦、紋狀體、海馬、胼胝體、嗅球、大腦皮層、小腦皮層、穹窿、小腦延髓和丘腦。歐易生物空間代謝組學(xué)為廣大研究者提供一站式服務(wù)。

空間代謝組學(xué)探究MYC、SREBP1與**發(fā)生的能量機(jī)制探索。斯坦福大學(xué)Dean W. Felsher課題組在Cell Metabolism發(fā)表的題為“The MYC Oncogene Cooperates with SterolRegulated Element-Binding Protein to Regulate Lipogenesis Essential for Neoplastic Growth”的研究成果,通過空間代謝組學(xué)、CHIP、RNA-seq、NMR和IHC等技術(shù)研究*基因MYC促進(jìn)**發(fā)生機(jī)制,發(fā)現(xiàn)MYC與膽固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白(SREBP1)協(xié)同調(diào)節(jié)脂質(zhì)生成,從而促進(jìn)疾病的發(fā)生。中文標(biāo)題:MYC*基因與固醇調(diào)節(jié)元件結(jié)合蛋白協(xié)同調(diào)節(jié)**生長所必需的脂肪生成研究對(duì)象:小鼠空間代謝組性價(jià)比高.擁有專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)。重慶空間代謝組學(xué)在植物葉片

空間分辨代謝組學(xué)進(jìn)展和挑戰(zhàn)。廣東空間代謝組學(xué) 書籍

隊(duì)列1:收集手術(shù)切除的食管腺*(EA)組織和與之匹配的健康食管上皮組織(MHEE)。隊(duì)列2:收集健康食管上皮組織(來自健康志愿者,HEE)和未經(jīng)***的食管炎(IEE)、巴雷特化生(BM)、巴雷特增生(BD)和食管腺*(EA)活檢樣本,用于發(fā)現(xiàn)食管腺*發(fā)展進(jìn)程中甘油磷脂的變化,以及隊(duì)列1的外部驗(yàn)證。樣本制備:樣本制成冰凍組織切片,并結(jié)合H&E染色。研究方法:空間代謝組學(xué);qPCR檢測甘油磷脂合成通路中基因的表達(dá);細(xì)胞轉(zhuǎn)染沉默ACYL基因;免疫組化用于分析隊(duì)列1樣本中脂肪酸從頭合成通路關(guān)鍵酶的表達(dá)。廣東空間代謝組學(xué) 書籍

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