歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師針對目前空間轉錄組學發(fā)表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節(jié)進行了講解。董老師針對空間轉錄組10x Space Ranger的分析原理及結果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數據挖掘的標準分析流程。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數據的互補性質的新方法。河北歐易生物空間轉錄組做什么

空間轉錄組的應用有哪些？一、構建空間轉錄組圖譜：借助于空間分辨的單細胞轉錄組學，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結構的重要步驟。目前的多項研究通過單細胞轉錄組技術結合空間轉錄技術，得到多個***的時空轉錄組圖譜（相關研究后續(xù)會在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍圖：胚胎發(fā)育是一個復雜的過程，其中動態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對這種微觀變化的時間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預期使用空間轉錄組學技術可以表征胚胎發(fā)育的空間表達藍圖。山東空間轉錄組應用空間轉錄組組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息。

10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結果，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結果一致性較高。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。

轉錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉錄本來獲取，目前已有多種技術策略被開發(fā)報道， 如空間轉錄組技術（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉錄本，并獲取全轉錄組水平的基因表達及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達模式所需信息的技術也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉錄本之間的相對位置。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。

空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時，多方位測量轉錄組譜。然而，現有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數據的分辨率并進行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數據結構將預處理數據作為輸入，無縫集成到空間轉錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH。河南歐易生物空間轉錄組質量

研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。河北歐易生物空間轉錄組做什么

1. 空間轉錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域?？臻g轉錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息?？臻g轉錄組實驗步驟c。逆轉和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備?？臻g轉錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序?？臻g轉錄組實驗步驟e。數據可視化分析：結合HE結果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息。河北歐易生物空間轉錄組做什么

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