歐易生物高級技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計的解析。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本準(zhǔn)備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領(lǐng)大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程。空間轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無法解釋兩個樣本預(yù)后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 江蘇生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點和方案設(shè)計。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達(dá)芯片（Library Preparation）。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實驗。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots，每個 spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進(jìn)展，相信在接下來的時間里，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供詳實的每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息，但是缺失了來源組織的空間組成信息。現(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供了完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個左右細(xì)胞）。因此，這兩個技術(shù)的存在是天然互補(bǔ)的，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成，完美結(jié)合。10X Genomics 繼單細(xì)胞測序后也推出了空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序，可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類型定位情況。山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢？山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法，通過對基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對聚類結(jié)構(gòu)和錯誤項進(jìn)行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。BayesSpace增強(qiáng)的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強(qiáng)后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來的分辨率下是無法辨別的。山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，以科技創(chuàng)新實現(xiàn)***管理的追求。歐易生物作為檢驗檢測服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。的企業(yè)之一，為客戶提供良好的科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢。歐易生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路，既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域，實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場，以敏銳的市場洞察力，實現(xiàn)與客戶的成長共贏。