轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過(guò)在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來(lái)獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開(kāi)發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過(guò)將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來(lái)捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無(wú)需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開(kāi)發(fā)了出來(lái)，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對(duì)位置。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì)。山西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測(cè)序深度不足等問(wèn)題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過(guò)程的特點(diǎn)，近年來(lái)關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無(wú)論是在技術(shù)開(kāi)發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

黑龍江空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用該類(lèi)工具的開(kāi)發(fā)將簡(jiǎn)化不同類(lèi)型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。

歐易生物自引進(jìn)10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來(lái)已經(jīng)完成了上百例樣本測(cè)序，在樣本包埋、切片、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗(yàn)。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì)，分享歐易生物在樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn)，助力各位科研工作者取得新的突破。招生對(duì)象：A、對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組感興趣，期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，或近期準(zhǔn)備開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序項(xiàng)目B、項(xiàng)目已經(jīng)開(kāi)展，需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類(lèi)型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失。

許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來(lái)的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來(lái)切割組織。當(dāng)前流行的技術(shù)，例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù)，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來(lái)捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時(shí)代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類(lèi)方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測(cè)序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù)?？臻g轉(zhuǎn)錄組這對(duì)于發(fā)育生物學(xué)等眾多領(lǐng)域的研究都具有重要的意義。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

研究的***主要集中于人類(lèi)和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。山西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤(pán)，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來(lái)源。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺(jué)可檢測(cè)框架。山西應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷(xiāo)售，儀器儀表的銷(xiāo)售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢(xún)、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢(xún)。的公司，致力于發(fā)展為創(chuàng)新務(wù)實(shí)、誠(chéng)實(shí)可信的企業(yè)。公司自創(chuàng)立以來(lái)，投身于科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢(xún)，是醫(yī)藥健康的主力軍。歐易生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念，影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功。歐易生物創(chuàng)始人張怡，始終關(guān)注客戶(hù)，創(chuàng)新科技，竭誠(chéng)為客戶(hù)提供良好的服務(wù)。