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山西空間轉(zhuǎn)錄組價格

來源: 發(fā)布時間:2021-11-24

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司(以下簡稱“歐易生物”)主辦的“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)培訓(xùn)班”落下帷幕。培訓(xùn)中,歐易講師團隊以其豐富的項目經(jīng)驗及專業(yè)的生信能力,從空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序原理、實驗實操及數(shù)據(jù)挖掘等多維度,向遠(yuǎn)道而來的學(xué)員們展開了系統(tǒng)性的培訓(xùn)。


Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq。山西空間轉(zhuǎn)錄組價格

轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取,目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報道, 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)(Spatial Transcriptomics,ST)和 Visium 技術(shù),通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上,來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本,并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來,其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù),它記錄 cDNA 之間的接近度,該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對位置。河南10x空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù),與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相比,空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失,使得我們在檢測基因表達(dá)的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點,近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā),還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化,都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月,Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS(肌萎縮側(cè)索硬化癥,又稱漸凍癥)分子病理的時空動態(tài);2019年8月,Nature在線發(fā)表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時空表達(dá)數(shù)據(jù);2020年9月,Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章;2021年1月,Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq;2021年4月,10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略:1、基于組學(xué)實驗結(jié)合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢,從單個細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結(jié)合的策略?;贚CM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,盡管其通量很低,但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細(xì)胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組??臻g轉(zhuǎn)錄組的組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序,記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。

空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時,多方位測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而,現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace,這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法,它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入,無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中,輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破??臻g轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),從而解析單個組織切片中的所有mRNA。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢

早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選。山西空間轉(zhuǎn)錄組價格

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經(jīng)過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,從而捕獲基因表達(dá)信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序,并對數(shù)據(jù)進行可視化分析??臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。山西空間轉(zhuǎn)錄組價格

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