術(shù)語解讀：PPI：蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-proteininteraction)PPImoduleI：指蛋白質(zhì)相互作用模塊，一個(gè)模塊指向一個(gè)功能數(shù)據(jù)要求：基因列表應(yīng)用示例1：（于2018年3月發(fā)表在Immunity.，影響因子）T細(xì)胞活化過程中產(chǎn)生蛋白質(zhì)組進(jìn)行多重定量分析，然后對(duì)差異表達(dá)蛋白權(quán)重聚類，并將聚類蛋白疊加到PPI網(wǎng)絡(luò)上以識(shí)別功能模塊。D.模塊大小的分布，通過將每個(gè)WPC（權(quán)重聚類結(jié)果）中的蛋白疊加到蛋白-蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)上識(shí)別模塊。每個(gè)模塊的蛋白質(zhì)數(shù)量顯示出來。E.各個(gè)模塊及其交互的關(guān)系圖。圓圈(節(jié)點(diǎn))表示90個(gè)模塊，圓圈大小與模塊大小成比例。邊連接共享PPIs的模塊。在(F)和(G)中進(jìn)一步擴(kuò)展了裝箱模塊。F.來自WPC3的細(xì)胞質(zhì)和線粒體核糖體的四個(gè)互連模塊。顯示了蛋白質(zhì)的名稱和每個(gè)模塊的代表性功能術(shù)語。G.來自WPC3的蛋白酶體，OXPHOS和線粒體復(fù)合物IV途徑的模塊。 WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)科學(xué)方案

    GSEA基本原理從方法上來講，GSEA主要分為基因集進(jìn)行排序、計(jì)算富集分?jǐn)?shù)（EnrichmentScore，ES）、估計(jì)富集分?jǐn)?shù)的***性水平并進(jìn)行多重假設(shè)檢驗(yàn)三個(gè)步驟。**步對(duì)輸入的所有基因集L進(jìn)行排序，通常來說初始輸入的基因數(shù)據(jù)為表達(dá)矩陣，排序的過程相當(dāng)于特定兩組中（case-control、upper-lower等等）基因差異表達(dá)分析的過程。根據(jù)所有基因在兩組樣本的差異度量不同（共有六種差異度量，默認(rèn)是signal2noise，GSEA官網(wǎng)有提供公式，也可以選擇較為普遍的foldchange)，對(duì)基因進(jìn)行排序，并且Z-score標(biāo)準(zhǔn)化。第二步是GSEA的**步驟，通過分析預(yù)先定義基因集S在**步獲得的基因序列上的分布計(jì)算富集指數(shù)EnrichmentScore，并繪制分布趨勢(shì)圖Enrichmentplot。每個(gè)基因在基因集S的EnrichmentScore取決于這個(gè)基因是否屬于基因集S及其差異度量（如foldchange）。差異度量越大基因的EnrichmentScore權(quán)重越大，如果基因在基因集S中則EnrichmentScore取正，反則取負(fù)。將基因集L在基因集S里的所有基因的EnrichmentScore一個(gè)個(gè)加起來，就是Enrichmentplot上的EnrichmentScore趨勢(shì)，直到EnrichmentScore達(dá)到**值，就是基因集S**終的EnrichmentScore。第三步是為了檢驗(yàn)第二部獲得結(jié)果的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。 云南數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)數(shù)據(jù)科學(xué)服務(wù)數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)、公共數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘。

Bubbles可以同時(shí)展示pvalue和表達(dá)量。例如展示motif的pvalue和motif對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)量，方便快速看出轉(zhuǎn)錄因子富集且高表達(dá)所在的group，預(yù)示著該分組對(duì)細(xì)胞狀態(tài)的改變（例如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)移、應(yīng)激）起關(guān)鍵調(diào)控作用；例如做基因功能富集分析時(shí)，展示富集的通路qvalue和基因數(shù)量或geneRatio。

基本原理：

Bubbles的實(shí)質(zhì)是分組數(shù)據(jù)下基因表達(dá)量或通路內(nèi)基因數(shù)量的可視化，同時(shí)可以展示pvalue。

數(shù)據(jù)要求：

表達(dá)矩陣，分組

    當(dāng)前位置：首頁(yè)>商城導(dǎo)航>immunetherapy免疫***收藏|分享immunetherapy免疫***價(jià)格：￥：標(biāo)準(zhǔn)套餐高級(jí)套餐購(gòu)買數(shù)量：加入購(gòu)物車立即購(gòu)買產(chǎn)品詳情產(chǎn)品評(píng)論(0)immunetherapy免疫療法免疫療法是指利用人體自身免疫系統(tǒng)，來終止**細(xì)胞。它通過操縱免疫系統(tǒng)，來實(shí)現(xiàn)靶向**抗原或突破T細(xì)胞浸潤(rùn)的障礙。免疫系統(tǒng)是**的重要***者。很多臨床數(shù)據(jù)表明，**的發(fā)生與機(jī)體免疫功能密切相關(guān)，宿主免疫功能低下或受***往往都會(huì)導(dǎo)致**發(fā)生率增高。**能夠發(fā)生的原因之一在于**細(xì)胞的免疫逃逸和其分泌的免疫***因子，導(dǎo)致**微環(huán)境中的免疫細(xì)胞獲得免疫***性。因此重新***免疫細(xì)胞，逆轉(zhuǎn)**微環(huán)境的免疫***狀態(tài)，是免疫療法的重要目標(biāo)。應(yīng)用場(chǎng)景預(yù)測(cè)單個(gè)樣本或者某亞型對(duì)免疫***的響應(yīng)可能性基本原理：通過靶向***免疫檢查點(diǎn)受體——CTLA4，PD1及其配體（PDL1，PDL2），來抵抗**微環(huán)境的免疫***作用，進(jìn)而解除機(jī)體免疫***，****功能發(fā)揮抗**作用。PD-1是共刺激受體B7/CD28家族的成員。它通過與其配體programmeddeathligand1（PD-L1）和programmeddeathligand2（PD-L2）結(jié)合來調(diào)節(jié)T細(xì)胞活化。CTLA-4介導(dǎo)的T細(xì)胞***。 胰腺疾病預(yù)后相關(guān)長(zhǎng)鏈非編碼RNA。

sankey

?；鶊D（sankey）是一種數(shù)據(jù)流圖，每條邊**一條數(shù)據(jù)流，寬度**數(shù)據(jù)流的大小。一套數(shù)據(jù)集可能有多重屬性，每層屬性之間有交叉，就可以用這種圖來展示。一般應(yīng)用場(chǎng)景：分組與基因?yàn)槎鄬?duì)多關(guān)系，展示高頻突變基因所處的分組；miRNA和靶基因的關(guān)系；人群按性別、年齡、家族史等特征分組，展示不同分組得**的規(guī)律。

數(shù)據(jù)要求：

多個(gè)分組及其關(guān)系，包括且不限于基因表達(dá)、突變。

下游分析：

1.   補(bǔ)充展示部分的已有相關(guān)研究

2.   解釋展示部分對(duì)研究課題的意義 結(jié)合WGCNA的ceRNA分析。四川成果發(fā)表指導(dǎo)數(shù)據(jù)科學(xué)服務(wù)

根據(jù)委托方提供的參考文獻(xiàn)和要求進(jìn)行個(gè)性化特定分析。組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)科學(xué)方案

    蛋白質(zhì)主要由碳、氫、氧、氮等化學(xué)元素組成，是一類重要的生物大分子。蛋白質(zhì)的功能由蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)決定。蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)繪圖，可以直觀地展示蛋白質(zhì)三維功能結(jié)構(gòu)，廣泛應(yīng)用于單核苷酸突變功能分析、藥物蛋白分子相互作用分析等研究領(lǐng)域?；驹淼鞍踪|(zhì)三維結(jié)構(gòu)繪圖主要分為蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)以及對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化兩步。蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)是基于蛋白質(zhì)中氨基酸序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)的步驟，**常用的預(yù)測(cè)方法為同源建模，同源建模的原理是序列相似的蛋白質(zhì)具有相似的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，要推測(cè)一個(gè)未知結(jié)構(gòu)蛋白的三維結(jié)構(gòu)，只需要找到與之序列高度相似的已知結(jié)構(gòu)模板。在無法進(jìn)行同源建模（找不到模型）的情況下，還有折疊識(shí)別及從頭建模法，但是計(jì)算量大運(yùn)行緩慢且建模準(zhǔn)確度不如同源建模。獲得蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的pbd文件后還需要通過分子三維結(jié)構(gòu)軟件繪制可視化的三維圖，并分析特殊位點(diǎn)（分子對(duì)接或突變位點(diǎn)分析），常用的有pymol和DeepView等。數(shù)據(jù)要求目標(biāo)蛋白的氨基酸序列或者編碼蛋白的基因序列，突變數(shù)據(jù)等。下游分析突變位點(diǎn)靶向藥物分析等。 組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)科學(xué)方案