RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究細胞內(nèi)蛋白與RNA相互作用的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。這種技術(shù)運用針對目標蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進行測序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀RIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，因此RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗并不相同。RIP實驗下游結(jié)合二代測序技術(shù)稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標蛋白相互結(jié)合的RNA的區(qū)域或種類和相互作用強弱。應(yīng)用領(lǐng)域1.高效獲取蛋白所結(jié)合的RNA，在全轉(zhuǎn)錄組范圍得到與蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.準確獲取蛋白結(jié)合RNA的特征，通過RNA結(jié)合區(qū)域的富集得到蛋白結(jié)合的RNA位置。3.通過motif分析獲取蛋白結(jié)合序列的偏好性。技術(shù)優(yōu)勢***的確定蛋白質(zhì)在細胞自然狀態(tài)下與RNA結(jié)合的研究手段，可以有效的鑒定一個蛋白是否是RNA結(jié)合蛋白以及RNA結(jié)合蛋白與哪些RNA直接作用，并確定其結(jié)合位點。，得知相互作用RNA的類型。，可通過分析可得知與蛋白作用的RNA序列。 WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。廣東技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)
GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復(fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測不良臨床后果，是ACC快速復(fù)發(fā)或致死的標志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 上海WGBS技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗豐富WGBS和RRBS都是金標準技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。
安捷倫公司芯片平臺因其強大的eArray探針設(shè)計平臺，可以進行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺設(shè)計了一款專門針對**啟動子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對基因的啟動子區(qū)域的CpG島設(shè)計探針。這款芯片上一共有4160個功能注釋比較明確的基因，其中2128個和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細胞凋亡有關(guān)，1273個基因和信號傳導有關(guān)，487個基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。
甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)
通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進行甲基化分析*需一對引物，相對簡單，不過這種方法對儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進行實時定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進行分析，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測，篩選出感興趣的CPG位點，然后利用其他方法進行單個位點的精確檢測及甲基化程度的精確定量。 焦磷酸測序能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測。
亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個到上百個基因/位點的驗證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗證環(huán)節(jié)。微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達存在***的差異，并通過高通量BSP測序?qū)GFL7、LBP8、PTPRE差異甲基化基因進行了驗證。 羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測序技術(shù)。遼寧WGBS技術(shù)服務(wù)售后分析
WGBS用于人、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。廣東技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)
焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進，現(xiàn)在認為焦磷酸測序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時，運行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進行準確測序。這些不同平臺的推出，對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。 廣東技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)