亞硫酸氫鹽測(cè)序PCR(BSP)

這種方法一度被認(rèn)為是DNA甲基化分析的金標(biāo)準(zhǔn)。它的過(guò)程如下：經(jīng)過(guò)亞硫酸氫鹽處理后，設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增目的片段，并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序，將序列與未經(jīng)處理的序列進(jìn)行比較，判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。這種方法可靠，且精確度高，能明確目的片段中每一個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，但因?yàn)樯婕暗綔y(cè)序，其結(jié)果準(zhǔn)確但要求克隆時(shí)所挑克隆較多，操作繁瑣，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數(shù)目，因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術(shù)方法。

目前一般會(huì)先用BSP找到甲基化位點(diǎn)，然后根據(jù)甲基化位點(diǎn)設(shè)計(jì)MSP引物，進(jìn)行相應(yīng)PCR條件摸索，以用于大量樣本的篩選。 DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇。山東焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)口碑推薦

    DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過(guò)程，剛被發(fā)現(xiàn)時(shí)被定義為第五種堿基，實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著重大的作用，它就像魔術(shù)師手中一頂**神奇的“帽子”，帶給世人層出不窮的驚喜。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細(xì)的調(diào)控中，一旦發(fā)生紊亂，對(duì)于動(dòng)物而言將導(dǎo)致胚胎死亡或者**等重大疾病，對(duì)于植物而言將會(huì)出現(xiàn)各種的表型缺陷，那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢？這個(gè)問(wèn)題成為整個(gè)生物界**熱的研究焦點(diǎn)之一。研究者們從DNA甲基化的發(fā)生機(jī)制，保持機(jī)制到去甲基化機(jī)制，從基因組甲基化狀況研究到特異位點(diǎn)甲基化狀況研究，從**初CpG位點(diǎn)的研究到non-CpG位點(diǎn)的研究，從高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及與其密切相關(guān)的羥甲基化也慢慢進(jìn)入人們的視野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**雜志上經(jīng)常能看到它熟悉的身影，說(shuō)它是生物學(xué)研究的“寵兒”一點(diǎn)都不為過(guò)。正所謂“工欲善其事，必先利其器”。 Chip-seq技術(shù)服務(wù)共同合作5mc是表觀遺傳重要的一種修飾，存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”。

    Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn)，都不能到達(dá)單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來(lái)源與前期的SNP檢測(cè)，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn)，一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的，而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過(guò)計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例，可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個(gè)CpG位點(diǎn)。這款芯片在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有***的應(yīng)用，除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外，也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測(cè)。因此對(duì)這款產(chǎn)品，研究者給予了很高的評(píng)價(jià)，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn)，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過(guò)45萬(wàn)個(gè)甲基化位點(diǎn)，實(shí)現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外，還包括CpG島之外的CpG位點(diǎn)，在人類干細(xì)胞中鑒定出的非CpG甲基化位點(diǎn)，以及**和正常組織中差異表達(dá)的甲基化位點(diǎn)等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價(jià)格。

    焦磷酸測(cè)序（Pyrosequencing）技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺(tái)，能提供基于序列測(cè)定的SNP檢測(cè)、等位基因頻率分析和甲基化檢測(cè)，雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。樣品要求·樣品類型細(xì)胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無(wú)明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無(wú)明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。 在哺乳動(dòng)物中CpG以兩種形式存在。

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來(lái)越受到研究者的關(guān)注。近些年來(lái)，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破。現(xiàn)在用于DNA甲基化檢測(cè)的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來(lái)分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。下面，我們就這兩大類檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇。N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。重慶850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)

強(qiáng)化版RRBS技術(shù)及應(yīng)用是高性價(jià)比方案。山東焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)口碑推薦

微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 山東焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)口碑推薦