數(shù)字PCR技術(shù)的原理非常簡單,然而在樣品分散(divide)的環(huán)節(jié)上卻遇到了無法突破的瓶頸。早期的dPCR嘗試使用96孔板到384孔板甚至1536孔板作為分散反應(yīng)的載體,或者采用類似流式技術(shù)的磁珠乳液擴(kuò)增方法(BEAMing-Beads, Emulsion, Amplification, Magnetics),2006年 Fluidigm公司推出了***臺商品化的基于芯片的商品化數(shù)字PCR系統(tǒng)。2008年德國 Inostics 推出基于磁珠法乳濁液擴(kuò)增和流式檢測方式的BEAMing dPCR 檢測服務(wù),但這些方法無論在分散程度和數(shù)據(jù)群體的體量上都無法達(dá)到更加精細(xì)的要求,時間和耗材成本嚴(yán)重限制了dPCR技術(shù)的發(fā)展。外泌體里面的micRNA含量是非常低的。江蘇數(shù)字PCR專業(yè)服務(wù)
QuantaLife 利用油包水微滴生成技術(shù) 開發(fā)了微滴式數(shù)字PCR技術(shù),這也是**早出現(xiàn)的相對成熟的數(shù)字PCR平臺,在運(yùn)行成本和實驗結(jié)果穩(wěn)定性方面都基本達(dá)到了商品化的標(biāo)準(zhǔn)。2011年,QuantaLife 公司被Bio-Rad公司收購,其微滴式數(shù)字PCR儀產(chǎn)品更名為QX100型號儀繼續(xù)在市場上銷售,這個早期型號為dPCR概念的普及和應(yīng)用領(lǐng)域的拓展發(fā)揮了重要作用。2013年該公司又推出了升級型號QX200。2012年,RainDance公司推出Raindrop型號數(shù)字PCR設(shè)備,這個設(shè)備將其原有的二代測序文庫制備平臺技術(shù)平移到數(shù)字PCR技術(shù)平臺,在高壓氣體驅(qū)動下,將每個標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系分割成包含100萬至1000萬個皮升級別微滴的反應(yīng)乳液, 該公司的創(chuàng)始人之一Darren Link表示這種超高的微滴數(shù)目可以為用戶“提供更高的檢測動態(tài)范圍,適用于處理更大濃度差異的不同樣品”。江蘇核酸拷貝數(shù)定量數(shù)字PCR方案增加引物或探針的Tm值,從而實現(xiàn)更短的引物和探針設(shè)計。
使用不合適的引物可能會引入引物二聚體、非特異性擴(kuò)增等,進(jìn)而影響實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。在此,小Q建議您在設(shè)計引物時需做以下幾個方面的檢查,***需對設(shè)計好的引物進(jìn)行BLAST比對分析,以確保引物的特異性!在數(shù)字PCR***定量實驗中,對于基因突變檢測、基因表達(dá)差異分析和拷貝數(shù)變異鑒定等對實驗精細(xì)性要求較高的實驗,需要特異性更高的Assay。QIAGEN基于QIAcuity數(shù)字PCR平臺開發(fā)并驗證了針對上述常見應(yīng)用的700多組dPCR LNA Assay,所有Assay均經(jīng)過鎖核酸修飾來增強(qiáng)其對互補(bǔ)序列的親和力和特異性,進(jìn)而提高實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。
數(shù)字PCR(Digital PCR-dPCR)技術(shù)是一種新的核酸檢測和定量方法,與傳統(tǒng)定量PCR(qPCR)技術(shù)不同,數(shù)字PCR采用***定量的方式,不依賴于標(biāo)準(zhǔn)曲線和參照樣本,直接檢測目標(biāo)序列的拷貝數(shù)。由于這種檢測方式具有比傳統(tǒng)qPCR更加出色的靈敏度和特異性、精確性,dPCR迅速得到***的應(yīng)用,這項技術(shù)在極微量核酸樣本檢測、復(fù)雜背景下稀有突變檢測和表達(dá)量微小差異鑒定方面變現(xiàn)出的優(yōu)勢已被普遍認(rèn)可,而其在基因表達(dá)研究、microRNA研究、基因組拷貝數(shù)鑒定、**標(biāo)志物稀有突變檢測、致病微生物鑒定、轉(zhuǎn)基因成分鑒定、NGS測序文庫精確定量和結(jié)果驗證等諸多方面具有的廣闊應(yīng)用前景已經(jīng)受到越來越多的關(guān)注。在gDNA長度≥20kb或進(jìn)行拷貝數(shù)變異檢測實驗時,必須對樣品進(jìn)行酶切處理。
CRISPR-Cas9基因編輯結(jié)果驗證:CRISPR-Cas9技術(shù)的發(fā)明,是基因編輯技術(shù)的一大突破,但如何驗證實驗是否成功,仍需要高靈敏度的檢測方法,數(shù)字PCR技術(shù)可以滿足這一需求。Broad研究所張鋒團(tuán)隊發(fā)明了以CRISPR為基礎(chǔ)的SHERLOCK技術(shù)可以對核酸進(jìn)行高靈敏度的定性檢測,但精確定量評估時仍采取了數(shù)字PCR進(jìn)行確認(rèn)。*****的伴隨診斷:常用體液來源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等)的待檢標(biāo)本中的DNA,有正常脫落體細(xì)胞和病變脫落細(xì)胞兩種來源,前者的量遠(yuǎn)大于后者。通過微液滴處理能在每個微液滴中有效減少正常體細(xì)胞DNA的干擾,實現(xiàn)**標(biāo)記物的有效檢測,如EGFR,ALK,ROS1,KRAS、BRAF等基因的突變檢測、乳腺*/胃*的HER2基因擴(kuò)增檢測等,應(yīng)用于**精細(xì)醫(yī)學(xué)的伴隨診斷。線粒體拷貝數(shù)分析與線粒體突變分析。江蘇數(shù)字PCR專業(yè)服務(wù)
微反應(yīng)單元體積大小一致且穩(wěn)定是泊松分布準(zhǔn)確計算的前提。江蘇數(shù)字PCR專業(yè)服務(wù)
數(shù)字PCR 的定量方法不依賴于擴(kuò)增曲線的循環(huán)閾值,因此不受擴(kuò)增效率的影響,也不必采用看家基因和標(biāo)準(zhǔn)曲線,具有很好的準(zhǔn)確度和重現(xiàn)性,可以實現(xiàn)***定量分析。在未來十年內(nèi),醫(yī)學(xué)保健的目標(biāo)是提供質(zhì)量高效的個性化醫(yī)療。PCR 方法會在實現(xiàn)這個目標(biāo)的過程中發(fā)揮重要作用。相比于傳統(tǒng)的PCR,數(shù)字PCR 技術(shù)有著無可比擬的優(yōu)勢和***的應(yīng)用前景。應(yīng)用領(lǐng)域:突變/稀有變異檢測(Mutation/Rare variant detection)拷貝數(shù)變異(Copy-number variation)進(jìn)入外周循環(huán)(包括血液和糞便)的**組織核酸分析無創(chuàng)產(chǎn)前篩查轉(zhuǎn)化移植檢測藥理學(xué)(Pharmacogenetics)基因表達(dá)分析(Geneexpression analysis)-特別針對單細(xì)胞或少量細(xì)胞或者血清血漿樣品線粒體拷貝數(shù)分析與線粒體突變分析數(shù)字PCR可以驗證二代測序(NGS)。江蘇數(shù)字PCR專業(yè)服務(wù)