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廣東Digital PCR數(shù)字PCR方案

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-10-14

數(shù)字PCR(Digital PCR-dPCR)技術(shù)是一種新的核酸檢測(cè)和定量方法,與傳統(tǒng)定量PCR(qPCR)技術(shù)不同,數(shù)字PCR采用***定量的方式,不依賴于標(biāo)準(zhǔn)曲線和參照樣本,直接檢測(cè)目標(biāo)序列的拷貝數(shù)。由于這種檢測(cè)方式具有比傳統(tǒng)qPCR更加出色的靈敏度和特異性、精確性,dPCR迅速得到***的應(yīng)用,這項(xiàng)技術(shù)在極微量核酸樣本檢測(cè)、復(fù)雜背景下稀有突變檢測(cè)和表達(dá)量微小差異鑒定方面變現(xiàn)出的優(yōu)勢(shì)已被普遍認(rèn)可,而其在基因表達(dá)研究、microRNA研究、基因組拷貝數(shù)鑒定、**標(biāo)志物稀有突變檢測(cè)、致病微生物鑒定、轉(zhuǎn)基因成分鑒定、NGS測(cè)序文庫(kù)精確定量和結(jié)果驗(yàn)證等諸多方面具有的廣闊應(yīng)用前景已經(jīng)受到越來(lái)越多的關(guān)注。微反應(yīng)單元體積大小一致且穩(wěn)定是泊松分布準(zhǔn)確計(jì)算的前提。廣東Digital PCR數(shù)字PCR方案

20 世紀(jì)末,Vogelstein等提出數(shù)字PCR(digital PCR,dPCR) 的概念,通過(guò)將一個(gè)樣本分成幾十到幾萬(wàn)份,分配到不同的反應(yīng)單元,每個(gè)單元包含一個(gè)或多個(gè)拷貝的目標(biāo)分子( DNA 模板) ,在每個(gè)反應(yīng)單元中分別對(duì)目標(biāo)分子進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增結(jié)束后對(duì)各個(gè)反應(yīng)單元的熒光信號(hào)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。與 qPCR 不同的是,數(shù)字PCR不依賴于CT值,因此不受擴(kuò)增效率影響,擴(kuò)增結(jié)束后通過(guò)直接計(jì)數(shù)或泊松分布公式來(lái)計(jì)算每個(gè)反應(yīng)單元的平均濃度(含量),能夠?qū)⒄`差控制在5%以內(nèi),數(shù)字PCR 可以不需要對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)樣品和標(biāo)準(zhǔn)曲線來(lái)實(shí)現(xiàn)***定量分析。廣東PCR數(shù)字PCR口碑推薦用數(shù)字化PCR是非常不錯(cuò)的一個(gè)選擇,而且也非常便宜。

(5)在SARS-CoV-2核酸參考品制備中,數(shù)字PCR能夠?qū)怂徇M(jìn)行精確的定量,能夠提高世界各國(guó)SARS-CoV-2核酸測(cè)量結(jié)果的一致性和準(zhǔn)確性。(6)數(shù)字PCR能夠靈敏檢測(cè)與定量環(huán)境中的病毒RNA濃度,包括從不同環(huán)境中取樣的樣本(如公共區(qū)域、病房、醫(yī)院衛(wèi)生間、實(shí)驗(yàn)室操作員手套、廢水等等)。(7)在實(shí)驗(yàn)室樣品與臨床樣品病毒突變檢測(cè)中,數(shù)字PCR適合用于已知的SARS-CoV-2遺傳變異檢測(cè),特別是對(duì)于一些低頻突變。(8)在抗病毒藥物的研發(fā)過(guò)程中,病毒載量的變化是評(píng)估藥物有效性的重要指標(biāo),借由數(shù)字PCR提供的***定量結(jié)果,能夠給出更具說(shuō)服力和準(zhǔn)確的評(píng)價(jià)結(jié)果。

數(shù)字PCR (Digital PCR) 技術(shù)作為新一代核酸檢測(cè)和***定量技術(shù),目前在痕量核酸樣本檢測(cè)、復(fù)雜樣本稀有突變檢測(cè)和微小表達(dá)差異鑒定等方面表現(xiàn)出的優(yōu)勢(shì)已被普遍認(rèn)可。NGS和CRISPR等分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,為數(shù)字PCR技術(shù)在microRNA研究、基因組拷貝數(shù)精細(xì)鑒定、致病微生物鑒定、轉(zhuǎn)基因成分鑒定及基因細(xì)胞***等諸多領(lǐng)域帶來(lái)了新的契機(jī)。良好的引物探針設(shè)計(jì)是數(shù)字PCR實(shí)驗(yàn)獲得成功的關(guān)鍵因素之一。這正是眾多研究人員選擇LNA(鎖核酸技術(shù))的原因——LNA修飾的引物和探針采用了成熟可靠的算法設(shè)計(jì),獲得了全世界科學(xué)家的信賴。轉(zhuǎn)基因食品或成分的檢測(cè)。

數(shù)字PCR可以直接計(jì)算目標(biāo)序列的拷貝數(shù),因此無(wú)需依賴于對(duì)照樣品和標(biāo)準(zhǔn)曲線就可以進(jìn)行精確的***定量檢測(cè);此外,由于數(shù)字PCR在進(jìn)行結(jié)果判讀時(shí)*判斷有/無(wú)兩種擴(kuò)增狀態(tài),因此也不需要檢測(cè)熒光信號(hào)與設(shè)定閾值線的交點(diǎn),完全不依賴于Ct值的鑒定,因此數(shù)字PCR的反應(yīng)受擴(kuò)增效率的影響**降低,對(duì)PCR反應(yīng)抑制物的耐受能力**提高;數(shù)字PCR實(shí)驗(yàn)中標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系分配的過(guò)程可以極大程度上降低與目標(biāo)序列有競(jìng)爭(zhēng)性作用的背景序列濃度,因此數(shù)字PCR技術(shù)也特別適合在復(fù)雜背景中檢測(cè)稀有突變。影響引物探針特異性的因素有很多種,譬如純化方式、設(shè)計(jì)方法以及引物探針的修飾技術(shù)等。廣東PCR數(shù)字PCR口碑推薦

一體化全自動(dòng)的QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)很大程度解放了實(shí)驗(yàn)人員的雙手,同時(shí)又避免由于手動(dòng)操作而引入的誤差。廣東Digital PCR數(shù)字PCR方案

肺*的ALK融合基因檢測(cè):ALK融合基因是NSCLC患者另外一個(gè)常規(guī)的伴隨診斷,可以指導(dǎo)ALK-TKI藥物的使用,目前已發(fā)現(xiàn)20種以上EML4-ALK的融合形式,多個(gè)報(bào)道證實(shí)它們中大部分能促進(jìn)**生成。另外ALK還可能與TFG、KIF5B、KLC1、PTPN3、STRN等基因發(fā)生融合,因此ALK融合突變的診斷具有一定難度。目前臨床常規(guī)使用的檢測(cè)手段包括免疫組化(Immunohistochemistry,IHC),熒光原位雜交(Fluorescence in situ hybridization,F(xiàn)ISH)以及RT-PCR等三種。這三種方法各具優(yōu)缺點(diǎn):IHC相對(duì)簡(jiǎn)單,價(jià)格低廉,但是容易受到主觀判斷的影響;FISH可以檢測(cè)各種融合類型,但是操作繁瑣,價(jià)格昂貴;RT-PCR方法的特異性較好,結(jié)果客觀,但是只能針對(duì)已知類型。近期有研究者采用數(shù)字PCR,利用ALK基因3’端的過(guò)表達(dá)來(lái)鑒定ALK的融合,該方法既具有PCR方法特異性好、結(jié)果客觀的優(yōu)勢(shì),同時(shí)又不受融合類型的限制,可以檢測(cè)所有融合型,在與三種傳統(tǒng)方法的對(duì)比過(guò)程中展現(xiàn)出了更好的臨床符合率,未來(lái)有望成為一種新的常規(guī)檢測(cè)手段。廣東Digital PCR數(shù)字PCR方案