血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過(guò)RRBS甲基化測(cè)序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個(gè)乳腺*特異性甲基化位點(diǎn)，選擇其中6個(gè)位點(diǎn)在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗(yàn)證; 并通過(guò)更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點(diǎn)為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*Biomarker。 芯片數(shù)據(jù)如何與二代、三代數(shù)據(jù)整合。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)

通過(guò)熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過(guò)亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會(huì)存在序列差異，這種差異可通過(guò)熔解曲線分析來(lái)發(fā)現(xiàn)。使用該方法進(jìn)行甲基化分析*需一對(duì)引物，相對(duì)簡(jiǎn)單，不過(guò)這種方法對(duì)儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR過(guò)程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進(jìn)行甲基化檢測(cè)只能對(duì)檢測(cè)片段整體甲基化情況進(jìn)行分析，并不能明確每個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測(cè)，篩選出感興趣的CPG位點(diǎn)，然后利用其他方法進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)的精確檢測(cè)及甲基化程度的精確定量。 重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生、發(fā)展有著密切的聯(lián)系。

    **預(yù)防和***的一個(gè)手段是通過(guò)去甲基化恢復(fù)某些關(guān)鍵的抑*基因或DNA修復(fù)基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑，它通過(guò)***DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化。**個(gè)表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經(jīng)美國(guó)FDA批準(zhǔn)用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物，在DNA復(fù)制過(guò)程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，導(dǎo)致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗(yàn)均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力，臨床表明應(yīng)用5-aza-CdR可提高部分IV期小細(xì)胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強(qiáng)，不能針對(duì)某一特定抑*基因進(jìn)行靶向***；高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移），因此其在臨床上的應(yīng)用受到了很大限制。也有研究表明，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。

微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 強(qiáng)化版RRBS技術(shù)及應(yīng)用是高性價(jià)比方案。

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒(méi)有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過(guò)8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒(méi)有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 云生物提供甲基化服務(wù)。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

甲基化驗(yàn)證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

    焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè)，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例。因此，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì)，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí)，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序。這些不同平臺(tái)的推出，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段。 重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)